3月6日，也就是朱镕基做政府工作报告的第二天，北京市政府报第一例非典病例，一个叫SARS的“幽灵”侵入中国。这是一种传染性很强、可能导致猝然死亡的严重急性肺炎，更可怕的是，它的病原尚未确定，所以被称为“非典型肺炎”。世界卫生组织当时称其为严重急性呼吸综合症（Severe Acute Respiratory Syndrome），简称“SARS”。2002年11月16日，广东佛山发现第一起非典病例。2003年2月3日至14日广东发病进入高峰。它飞速蔓延，从广东道香港再到北京、上海，几乎每天都有死亡的病例出现。到4月28日，仅北京市就确诊病例1199人，疑似病例1275人，死亡59人，卫生部部长张文康和北京市委副书记孟学农因防治不力被免职。一时间，抗击非典成为举国上下的头等大事。因为这种病毒的传染性非常强，所以一旦发现一个疑似病例，当即就要进行大面积的整体隔离。2003年的上半年，全中国正常的生活和商业活动被全部打乱，每一家企业都在惊恐中度过一个又一个难熬的日子。与非典的作战一直到6月24日才总算告一段落，这一天，世界卫生组织宣布解除对北京的旅游警告。在王府井百货大楼门前，一位售货员高兴地贴出一张庆祝标语，上面只有四个字：“中国真牛！”。
真正“牛”的事情还正在发生中。让世界非常吃惊的是，尽管遭遇如此猝不及防的灾难，2003年度的中国经济增长竟然没有受到太大的影响。
从数据上看，前两个季度的经济
2003年3月5日，朱镕基在第十届全国人民代表大会第一次会议上作完政府工作报告，在经久不息的掌声中，他宣布从此退出政坛。接替他的是时年61岁的中央政治家常委、国务院副总理温家宝。
自1991年临危受命赴京出任主管经济的副总理，到1998年正式接任总理，朱镕基用专业和强势的方式全面改造了中国经济。在他的任内，宏观经济一直完全地行走在“三八线”内，即通货膨胀不超过3%，国内生产总值增长始终高于8%。正是这种持续的高速成长让中国在动荡的世界交替年代保持了“风景这边独好”的繁荣景象。他通过“分灶吃饭”，彻底改变了中央与地方的财政收入格局，进一步加强了中央集权的能力。他在国有企业的改造上更是取得了出人意料地成效，在“抓大放小”和“国退民进”战略的坚决推行中，一向萎靡的国有资本集团获得了近乎脱胎换骨般的改观。1998年，当他宣布将在任内完成对大中型国有企业的改造任务时，国内外舆论一片质疑，而最终的事实却证明他用自己的方式兑现了承诺。
就在出任总理的第一次新闻发布会上，他曾在回答凤凰卫视吴小莉的提问时，有过“不管前面是地雷阵还是万丈深渊，我都将一往无前，义无反顾，鞠躬尽瘁，死而后已”的慷慨之言，感动全国。人们均以为总理是针对改革推进之艰难而言的，如今思之，却有恍然有新的感悟，其实，彼时的决策人也对改革的前途充满了巨大的莫测感。
在30年的企业变革史上，朱镕基是继邓小平之后最具影响力的政治人物之一，如果说邓小平以开放的胸襟决定了中国变革的方向，那么，朱镕基则完成了路径的选择。在今后十年乃至更长的时期，中国企业一直行走在他设定好的变革逻辑中。
就在他做完政府工作报告的第二天，《南方周末》以整整24版的篇幅出版了朱镕基专辑，向人们描述了一个尽职、强势、充满忧患意识、有时还略显悲情无奈地中国总理。朱镕基在任内巡视各地时，一向秉持“不题词、不剪彩、不受礼”的三不原则，实在推脱不过，就只写“朱镕基”三字而已。他仅有的几次“破戒”，均可见其内心的忧虑。
1998年10月7日，出任总理不久的朱镕基去中央电视台视察，在当时国内批判之声最尖锐和最具影响力的《焦点访谈》栏目组，他题字“舆论监督、群众喉舌、政府镜鉴、改革尖兵”，并称“我也接受你们的监督”。他说，“这四句话不是临时想出来的，是昨天想了一个晚上的，以至于血压都升高了。”
2001年4月16日，朱镕基视察上海国家会计学院时，为该校题写校训：“不坐假账”。同年10月29日，视察北京国家会计学院再题字：“诚信为本，操守为重，遵循准则，不做假账”。他要求学院去做一个调查：“我最关心的是这些学员做不做假账，你可以对学员做一个不记名的调查，发一个卷子，让他打钩；一个事严重做假账的；一个是稍微做点假账的；一个是不做假账的。你做一个调查看看，得出一个百分比。调查要确实不记名。”
2002年5月，朱镕基在杭州参观新修复的清末“红顶商人”胡雪岩故居，一路行走，一路感慨。出乎地方官意外，他主动要求题字曰：“胡雪岩故居，见雕梁砖刻，重楼叠嶂，极江南园林之妙，尽吴越文化之巧。富埒王侯，财倾半壁。古云，富不过三代，以红顶商人之老谋深算，竟不过十载。骄奢淫靡，忘乎所以，有以致之，可不戒乎。”
就在朱镕基卸任之际，中国社会和宏观经济突然遭遇一场十分意外的严峻考验。