2001年8月28日，三九在猝不及防的情况下遭到证监会的警告。证监会公开通报批评三九医药，指称其在募集资本的使用上与招股说明书不符，大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产96％，严重地侵占了广大中小投资者的利益，直接威胁到上市公司的资产安全。通报还公开点名三九医药的董事长赵新先，称其“有重大失职行为，情节特别恶劣，应当予以谴责。”这是中国证券史上，证监会第一次用公开通报的方式，对一家上市公司董事长进行点名谴责批评。这对一向形象良好的三九而言，损害之大可以想见，三九顿时成为银广夏事件后又一个“股市巨骗”。
赵新先对这次事件毫无预知，在他的意识中，三九集团和三九医药本就是他的左口袋和右口袋，资金挪用应属正常之事，想当年他创办三九，便是把建职工用房的钱擅自挪用去买设备了，因此被传为佳话。
没有想到此一时彼一时，反差如此之大。不过尽管内心不满，他还是表现出了企业家的风度和理性，三天后，他出现在中央电视台记者的镜头前，第一句话是“接受批评”，第二句话是“道歉”。不过他始终认为，自己“其实没有错”，他对记者说，
时，负债率已经高达80％。在第一次扩张中，三九看上去变得兵多将广，势力遍及全国，但是没有关联度、缺乏整合的购并战略其实已经埋下了十分险恶的种子，它日日都在消耗三九的资本和品牌影响力。
第二次扩张：仅次于德隆的大鳄
就当赵新先宣誓打造全球第一中药企业的时候，中国企业界的生态突然发生了衍变。从上世纪80年代以来，实业型企业家一直是业界的主角，然而，随着互联网的兴起及资本市场在中国的苏醒，另一类型的企业家忽然成为新宠，他们运用资本这个放大器，同样是白手起家，却在更短的时间里完成了财富的积累。面对这一势不可挡的商业潮流转变，年近6旬的赵新先并没有茫然无知，相反，他在资本市场和互联网两大领域中，都表现得异常的激进。
2000年4月，三九集团的旗舰公司“三九医药”以“000999”的代码在深圳证券交易所上市，国家药品监督局副局长亲自为股票上市敲槌开市，股票开盘当日升幅为177.5％，募集资金近16.7亿元，风光一时无二。
几乎同时，国家证监会批准江西的一家上市公司宜春工程正式更名为“三九生化”。同年11月，赵新先再度出手，他收购了上海胶带股份有限公司29.5％的股份，成为该公司的第一大股东。2003年，公司更名为“三九发展”。
赵新先在不到一年的时间里，强势出招，一举成为三家上市公司的主人，而且还获得特许，注资3.08亿元成立三九深圳金融租赁有限公司，这是国内最早由实业型企业发起并控制的金融租赁企业。赵新先无疑称得上是国有企业资本运作的第一人。在当时的资本市场上，只有唐万新的德隆系同时控股了湘火炬、新疆屯河及合金控股三家上市公司。在一次与媒体记者的交谈中，赵新先不无得意地说，“在资本市场上，三九的表现仅次于德隆。”
跟草莽出身的新疆企业家唐万新相比，赵新先有着太优越的条件。他购并上市公司，不必像地下老鼠那样的躲躲藏藏见不得人，作为一家大型国有企业的当家人，他的任何商业活动都代表了国有资本的利益，因而受到方方面面的关照和优惠；他的资金来源也没有像唐万新那样的紧张，银行的大门是朝着国有企业开的，尤其是三九这种效益非常良好的国有企业，无论哪个银行行长都随时愿意为三九贷款——有一次，赵新先甚至抱怨说，都是因为银行不知节制地提供贷款，才让三九的负债率越来越高；它有一个太成功的产品和品牌，所有的投资故事听上去都是那么的合理和富有想象空间。
除了在资本市场上的激情表演，面对汹涌的互联网热浪，赵新先也非常积极。2000年4月24日，就在三九医药上市的同时，号称全国最大医药健康网站的999健康网开通，赵新先宣布，三九将采用“四网合一”的思路，以三九全国的销售网络为依托，以全国医药连锁店为端口，以三九健康网为枢纽，以中药远程诊疗网为延伸，组成一个超级医疗健康服务体系。在“概念就是一切”的互联网热中，赵新先的这番远景描述，自然又是受到市场的一片追捧。
然而，在日后的经营中，“四网合一”根本无法实现，健康网的定位摇摆不已，从健康门户到学习型网站，再到电子商务，每一次转型就意味着大量资金的投入，赵新先为了展现公司在网络时代的超前形象，又不断收购中小网站，到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站，其网站数目之多、性质之杂、烧钱之多都让人惊叹。
在这一时期，三九的发展战略已经从之前的“八大产业并举”，变成了“以生命健康产业为主营，网络信息和金融租赁两大产业为支柱”。它看上去既坚持了三九的中药路线，同时又嫁接了当今商业圈最炙手可热的两大产业——互联网和金融。但是在执行中，却缺乏整合和深耕，第二次的扩张，仍然没有让三九实现决定性的飞跃。一个事实是，三九集团自1990年之后便再也没有开发出一个成功的中药产品，后来的十多年里，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撑着天下。