他并不笼统地提倡放权或收权，而是分离出“行政性分权”和“经济性分权” 两个概念。所谓“行政性分权”是指中央把权力下放给省、市、县，由地方行政机构管理经济；“经济性分权”是指将过分集中于行政主管机关的决策权下放给企业。吴敬琏认为，当前的中国改革，行政性分权步子迈得太快，而经济性分权则远远不足，“行政性分权充其量只不过使企业从原来中央机关的附属物变为地方行政机关的附属物，并不能使企业成为独立的商品生产者，也不能改善经济机制。在命令经济框架下实行层层分权，其结果只能是政出多门，使整个经济 陷于混乱”。因此，他认为“分权的命令经济是一种最坏的命令经济”。由以上的理论阐述，吴敬琏得出了一个重要结论：不应当笼统地把改革的目标定为“分权”，而应当区分性质不同的“权力”，行政性权力需适当集中，经济性权力则应充分下放。既然中国改革的正确方向是建立市场型经济，应当追求的分权就只能是经济性分权，而不能是行政性分权。吴敬琏的这一经济结论与当时思想界颇为流行的新权威主义相当暗合。
对于“企业主体改革派”的意见，吴敬琏认为，单搞企业改革，无论什么方案，都是不足够的，因为“如果企业不是在竞争性市场的约束下进行经营活动，没有竞争压力，无论建立怎样的产权制度，企业都不可能真正具有活力”。相反，厉以宁则对“整体协调改革派”表达了鲜明的反对立场。就在吴敬琏递交了配套改革方案不久后的1986年5月，他面对上千名听众和众多媒体记者说：“中国经济改革的失败可能是由于价格改革的失败，而中国经济改革的成功，则必须取决于所有制改革的成功。”
面对这两种针锋相对的改革意见，中央决策层表现得摇摆不定。厉以宁被要求先在重庆、苏南和上海进行股份制试点的实验，而吴敬琏的方案在6月份的国
一派意见认为，改革的主战场应是企业制度的股份制创新，是为“企业主体改革派”，代表人物为北京大学的厉以宁教授。
在中国经济学家中，厉以宁是最早提出企业改革必须走股份制道路的人之一，因此，他被称为“厉股份”。在他看来，计划经济的最大弊端是剥夺了企业自主创新的动力，从而扭曲了资源的市场化配置，因此，全部经济体制改革的核心，必然是企业制度本身的重新改造，即财产关系的改造，换而言之，只要把企业“还”给了市场，经济体制自然将实现转轨。1987年年底，厉以宁向国家体改委提交《1988—1995年我国经济体制改革纲要》，给出了完成企业改革的“八年时间表”：1988年至1990年，完善与发展企业承包制，股份制继续试点；1991年至1992年，承包制向股份制过渡；1993年到1995年，企业实行较全面的股份制，普遍建立控股制的企业集团。在这八年的时间里，企业改革的重点应逐渐由承包制向股份制过渡，由低层次的经营机制与产权关系的改革向高层次的经营机制与产权关系的改革过渡。
另一派意见认为，中同的经济改革靠企业制度的“单兵突进”难全其功，因此必须整体思考，配套进行，是为“整体协调改革派”，代表人物为国务院发展研究中心的吴敬琏。
在吴敬琏的构思中，改革不仅是一场破除旧体制的深刻革命，而且是一项建设新经济体系的宏大工程。这个体系主要是由自主经营、自负盈亏的企业，竞争性的市场体系和主要通过市场进行调节的宏观管理体系三者组成。这三个方面是相互联系、密不可分的。只有这三个支柱初步树立起来，这种经济体系才能有效率地运转。因此，经济改革必须在这三个方面同步配套进行。
1986年年初，吴敬琏向中央提出了一份改革路线图，其中包括三个环节：
第一个环节，增强企业的自主权和经济责任。国有小企业可以放开改革，大企业则逐渐实现市场化，取消行政性公司，实行股份制、资产经营责任制。
第二个环节，竞争性市场的建立和进一步完善。建立经营大规模批发业务的经济实体，抓紧反对垄断、保护竞争的立法，防止市场割据形势的发展。
第三个环节，建设新的宏观调控体系。包括改进财政税收体系，将“分灶吃饭”的财政体制推进到“划分税种，核定收支”的新阶段。
在以放松管制为改革主题、强调“充分放权”的20世纪80年代，吴敬琏的方案意味着中央政府必须加强宏观调控的能力并扩大宏观调控的范畴，因而带有重新集权的色彩，这无疑触及了中国经济治理的一个古老的核心命题。在耶鲁大学进修过的吴敬琏提出了一个很有技巧性的“集—放”分权理论。