市镇经济的崛起，是明清工商业的一大特征，会馆之盛在这里体现得最为显著。
广东佛山镇是明末清初发展起来的专业化市镇，以铁器铸造著称，与景德镇、汉口镇、朱仙镇并列为“天下四大镇”，此地的会馆更是发达，呈现出专业化的态势，仅在铸造业，就有熟铁行会馆、炒铁行会馆、新钉行会馆、铁锅行会馆、金丝行会馆、金箔行会馆、土针行会馆等等，其余的各行各业都有会馆组织，如钮扣行会馆、当行会馆、绸缎行会馆、颜料行会馆、洋纸行会馆、西土药材行会馆、参药行会馆等等。这些以行业为主题的会馆已经超出了地域的特征，而更多的带有行业协会的性质，这是一个十分显著的进步。
自康乾以来，一些地方甚至出现了由产业工人做成的会馆，这是工会组织的雏形。枝巢子在《旧京琐记·市肆》中记载，在京城从事泥瓦和木工的工人有一个“九皇会馆”，这些工人大多是东部蓟州一带的人，有很严密的行规，凡是有徒工的地方，都有会馆，其总会就叫做九皇，每当九皇诞生日，就一定要休假，名叫“关工”。另据史料显示，道光年间，南京丝织业的机匠设立了数十个公所，苏州的踹匠则有自己的踹匠会馆，他们向资方提出了增加工钱的要求（“索添工银”），还拥有自己的育婴堂、普济院，带有鲜明的自助性质。
在会馆专业化程度最高的佛山，甚至出现了东家行和西家行，前者由业
商帮流转于大江南北，其聚居交流的场所，就是商人会馆。
1560年（明嘉靖三十九年），两位旅京徽商杨忠、鲍恩在宣武门外购得一地，建了一座歙县会馆，这是史料记载的最早的徽商会馆。六年后的1566年，广东商人在京集资建岭南会馆，此后，商人建馆之风吹遍全国。
会馆是“异乡之家”，商人们在这里议事、祭祀、娱乐、暂居。各地会馆规模大小不一，有的只有几间房子，有的则富丽堂皇，占地上百亩，宛若一个精美宫殿，一般而言，会馆内设有议事厅、神殿、戏台、客厅、客房、厨室等等，有的还有义冢，专门埋葬死于他乡的商客。
一个地方有了某一商帮的会馆，就好比树木生下根来，从此花繁叶茂，自主成长。江西吴城镇是清代重要的口岸市镇，来此经商的广东商人想要建立一个会馆，当地商人势力百般阻扰，不让他们买到一砖一瓦，粤商只好在粤糖运赣的船里，每袋中均夹带一块砖瓦，不到两年时间竟建成一座规模宏敞的会馆，从此，其他商帮也纷纷建馆，小小吴城镇内先后出现了48个会馆。河口镇是江西省另外一个繁荣的口岸市镇，该镇有10万人口，开设了16处商人会馆。
没有史料告诉我们，在明清两代，全国到底有多少个商人会馆。按全国1700多个城邑郡县，加上三万个市镇，粗略计算，起码不下一万处。它们成为商人活动的重要场所，同时也因此形成了新的工商规范。
会馆的功能有三个：“奉神明，立商约，联乡谊”。潮州的《汀龙会馆志·馆志序》曰：“会馆之设，有四善焉：以联乡谊明有亲也，以崇神祀明有敬也，往来有主以明礼也，期会有时以明信也。”从中可见，亲、敬、礼、信，是会馆存在的规范基础，它与宗族社会的道德观一脉相通。
各商帮所供奉的神明不同，基本上是出生于当地的历史人物，晋商供的是关羽，徽商供的是朱熹，江西帮供的是许逊，福建帮供的是妈祖（林默娘），浙江商人供的是伍子胥和钱镠，广东商人供的是慧能六祖，云贵商人供的是南霁云，两湖商人供的是大禹。也因此，很多会馆以“宫”定名，比如，四川曰惠民宫，两湖曰禹王宫，两粤曰南华宫，福建曰天后宫，江西曰万寿宫，贵州曰荣禄宫。这种祖先崇拜构成了一种乡土特征很重的集体象征。
会馆建成后，必须有商约予以约束，从而形成了各具特色的民间契约版本。1784年（乾隆49年），潮州商人在苏州建潮州会馆，确立以下约定：“会馆专门聘请董事经理，三年更换一次，由潮州地区的七地商人轮流任职，会馆所有的契据档案都交由董事经理管理，前后交替，帐目必须清楚，这一规定，永世不改。”会馆还对商业规则进行了公约，防止内部的恶性竞争。留存至今的“北京药行会馆碑记”就记载，所有在册的会馆成员都必须遵守相关的条规，有违犯者，不得参与会馆举办的祭祀活动，会内成员也不得与其有生意往来。
商人会馆数量的多寡，可以看出当地工商业的发达程度。乾隆年间，各省在京建立的会馆多达182所，到了光绪年间，数量更增加到392所，其中，百分之二十为商人会馆。而在苏州，商人会馆的比例则远高于京城，总计48家会馆中，有27家为商人出资兴建，其余21家为官商合建及合用，当地史料记载，各省在这里做生意的商人无一不建立自己的会馆。日后成为全国最大工商业城市的上海，在清初只是一个渔村小码头，在这里出现的第一个会馆始建于1715年（康熙54年），是由航运商人组建的商船会馆，因此可见，上海之兴起得益于长江及东海贸易。