尽管从清朝开国之后，晋商就一直非常风光，然而它的大辉煌时期竟还没有到来。
康乾年间，帝国的金融中心不在京城，而在南方的扬州，这当然与盐业和徽商有关。
自明代叶淇变革盐法之后，两淮盐场就成了全国最大的盐业产地和交易中心，垄断的盐利之高让人咋舌，康熙时期的大臣郭起元就统计说，一包盐在江南一带的收购价为二三文
稗类钞》记载的一则故事最为生动：某次，雍正皇帝微服出游，在一家书店里翻阅书籍，当时“微风拂拂，吹书页上下不已”，有个书生见状顺口高吟：“清风不识字，何必来翻书”。雍正“旋下诏杀之”。在“文字狱”的高压恐吓下，清人在工商思想上的开放远不如明人，类似丘浚、顾宪成这样的人物竟无出现，知识分子愈来愈蜷缩在狭隘的“学术羊圈”之中，穷首皓经于训诂之学，格局和胸襟越来越小，大多成了寻章摘句的老雕虫。
如果说，在十五世纪的明代中期，徐光启与利玛窦还能在科技知识上平等对话，那么，到了康乾年间，中国学者已经无法与西方分庭抗礼，双方完全处在两个无法沟通的知识和话语体系之中。金观涛和刘青峰在《兴盛与危机：论中国社会超稳定结构》一书中对这一现象进行过研究，他们分别绘制了中国与西方的“科学技术水平累加增长曲线”，从这两张图中可以清晰地看出，到了十五世纪之后，中国的增长曲线呈现长波段的水平停滞状态，而西方则进入爆发性增长阶段。金观涛和刘青峰因此得出了一个十分重要的结论：无论对于西方还是中国来说，科学技术结构和社会结构之间都存在着适应性。也就是说，制度大于技术，中国的经济和科技落后首先体现在政治体制和社会制度的不思进取。
当然，上述的分析都是后人站在历史高地上的俯瞰，那些生活在17世纪的中国人是根本感觉不到那份焦虑和超越的。在余英时看来，“就朝代的兴替而言，1644年满族征服中国固然是一个重要的事件，但是若因此而说其完全改变了中国的发展进程也是太过夸张。”据他的观察，自晚明到清代，中国社会的基本衍变轨迹是缓慢、持续、并且一以贯之的，只是“活在这两个世纪的大多数中国人都未察觉到自身已经历了中国历史上最重要的社会与文化变迁时期之一。”
就经济而言，随着人口的倍增，边贸和内需市场庞大而旺盛，促进了工商业的繁荣。经济重心继续向长江中下游和珠江流域倾斜，东南的权重越来越大，形成了北、东、南三大商帮，分别是晋商、徽商和广东十三行。
家底雄厚的晋商仍然强悍。属暴发户性质的“皇商八大家”全数是山西人，其余世家的财力也不容小窥，他们控制了北方边贸和京城商贸，还推动了长江中游地区的繁荣。
祁县乔贵发是靠边贸发家的典型案例。他出身在一个贫困家庭，从小父母双亡，雍正初年，出走到塞外的归化城（今呼和浩特市）谋生闯荡，先是在一家店铺当伙计，常年赶着骆驼往返于大漠戈壁之中，稍有积蓄后，就跑到山西商人众多的包头城自立门户，卖蔬菜、磨豆腐、开草料铺，十余年后独资开设广盛公杂货店，渐渐又兼营钱庄。当铺，成了一个小有名气的商人。
乔贵发的真正发家靠的是做粮食期货，时称“买树梢”。当时包头涌入大量开荒农民，种粮缺少本钱，而这一地区靠近黄河，常有水涝之灾，粮食收成很不稳定。乔贵发发挥晋商在粮食贸易和钱庄经营上的双重优势，做起了冒险生意，他在春耕时节发放贷款，与农民签订收购合同，秋后结算，这种做法很象后来的订单农业，乔贵发算过账，只要五年之中有两年丰收，他就会有几倍之利。这种“买树梢”的做法被学界认定是中国最早的粮食期货。自乔家之后，山西商人在北方边疆地区大做买空卖空的粮食期货交易，据山西籍的大学士祁隽藻在《马首农言》一书中记载，“更有甚者，买者不必出钱，卖者不必有米，谓之空敛。因现在之米价，定将来之贵贱，任意增长。此所谓买空卖空。”
乔贵发一世而兴，是众多晋商故事中的一个典范，他在老家祁县建造了一座富丽精致的乔家大院，1991年，电影导演张艺谋在此处拍摄《大红灯笼高高挂》，乔家名声因此大隆，成为知名度最高的清代晋商。有清一代，与乔家一样靠边贸致富的，还有榆次的常家、太谷的曹家、祁县的渠家和汾阳的牛家等等，他们各自组建了庞大的、集贸易与金融于一体的家族集团，控制了清朝与蒙古、俄罗斯的双边贸易。
以边贸为基础，晋商进而在北方一些中心城市建立了自己的货物集散网络，最重要的有恰克图、天津、张家口和汉口等，其中汉口是深入到内地的一个后方基地，在十六世纪中期的明嘉靖年间，汉口还仅仅是一个人口不过2·5万的小镇，而到十八世纪初期的康熙年间，汉口周围已有“户口二十余万”，号称“九省通衢”，山西商人在这里贩粮运茶，颇为活跃。
即便在长江中下游地区，晋商的踪影仍然四处可觅。1689年，喜欢南下游历江南的康熙皇帝发现，在商业繁荣的苏州、杭州和绍兴一带，从事市井商贸的人，大多是山西籍人士，当地人经商得富的反而较少。他分析原因说，“可能是山西民风俭朴，喜欢积蓄而致富，南方人个性奢靡，所以存不了多少钱。”若康熙的观察真是一个普遍现象，倒是出乎后人一般的印象。