穆藕初出生在上海浦东一个棉商家庭，19岁就进了棉花行当学徒，终他一生，都与棉花纠缠在一起。他在南洋公学读过书，在赫德的海关就过职，还被张謇请去当过江苏铁路的警察长，33岁的时候，他深感中国棉纺业的落后，下决心到当时棉业最发达的美国德克萨斯州读书，这一读就是整整八年，他的南洋公学同学黄炎培的儿子、著名水利学家黄万里后来纪念说，“穆伯伯从怎样种棉花、种好棉花、到棉花怎样纺成纱、织成布，到怎么办工厂，怎样有效地管理工厂，他是有目的、整套、有计划地系统学习。这样有计划的、跨专业、多学科、成套学的留学生，在他之前没有一个。”
穆藕初学成归国后，当即与兄长筹集20万两银子创办了上海德大纱厂，一年后，德大生产的棉纱在北京商品陈列质量比赛中得第一名，顿时一夜成名。棉纺织业在当时是中国第一大产业，聚集了张謇、荣家兄弟和周学熙等众多顶级企业家，穆藕初后来居上，居然能迅速崛起，与他在美国学到的棉花专业知识和科学管理方法是分不开的。德大成功后，他很快集资120万两，筹建厚生纱厂，几年后，又集资200万两成立郑州豫丰纱厂，该厂拥有职工四千多人，已是中原地区最大的现代企业。穆藕初回国五年，开出三家工厂，一跃与张、荣、周并列成棉纱业的“四大天王”之一。
与其他三位“天王”不同——有趣的是，他们分别是士商、民商和官商的代表人物，穆藕初出身科班，学理深厚，所以，他对产业进步和工厂管理创新的贡献尤为突出。在经营工厂的时候，他先后写成了《试验移植美棉纺纱能力之报告》、《纱厂组织法》等长篇文章，对民族纺织业的进步起到了很大的推动作用。他发起“中华植棉改良社”，在江苏、河南、河北、湖北等地买下1500多亩地，开辟棉花试验场，大力推广种植美国的脱字棉。经他倡议，上海华商纱厂联合会设立植棉委员会，买美棉种子送给各省试种，提供植棉技术咨询，印刷改良植棉的小册子，用最通俗易懂的文字向棉农解释改进植棉方法，其中有他自己写的《植棉改良浅说》，1917年8月的一次就印了上万册，还在《申报》发布广告，任何人都可以索要。他的厚生纱厂还有一个棉花测试中心，免费为全国各地送来的棉花做性能测试，厚生引进的美制纺织机器也成为同行参观学习的对象。穆藕初来者不拒，从不吝于指教。
当时中国纱厂的管理还十分原始，一般分为文场、武场，文场是帐房，武场是工头，管理方式落后粗暴。穆藕初率先取消了工头制，改为总经理负责制。另外，建立新式财务制度，把传统的流水帐改为复式结帐法，这是西方财务制度在中国的第一次引进。他并亲自拟订了许多报表的格式与内容，使工厂的耗材、工时、产量等书局可以及时反馈，一目了然。此外，他还制定《工人约则》、《厂间约则》、《罚例》等一整套厂规细则，仅总罚例就有81条。在些规则中也不乏人性化的因素，比如工人偶有过失，不要大声呼斥，使其在众人面前失去体面等。在具体实务管理的基础上，他对泰勒的科学管理法进行了中国式的改良，总结出科学管理的四大原则：无废才、无废材、无废时、无废力。还概括出当经理的8条标准——会自己找事情做、有能力解决疑难、度量大、有事业心、懂得爱惜机器、恰如其份节约化钱、善于把握机会等，后来，这8条标准又进一步简化为“五个会用”：会用人、会用物、会用时、会用钱、会利用机会。
这些创新对中国企业管理的进步具有革命性的意义。穆氏的三家工厂成为当时国内技术设备最领先、管理最先进的棉纺织企业。
穆藕初还跟当时的思想界进行过一场轰动一时的论战。
1920年，厚生纱厂赴长沙招聘女工，当地的《湖南日报》连续发表文章严厉批评厚生的招工行为，其炮火主要集中在两点，一是劳动工时长达12小时，二每月工薪为8元。穆藕初发表文章反驳，认为“予深信欲救中国之贫弱，舍振兴各种主要实业外，无他道。”还嘲讽说，“敢忠告一辈学者，自今以往，脚踏实地，不向空际捉摸，力从实处研究，宁以行胜，勿以言胜。”他的驳文引来朱执信的猛烈抨击，朱当过孙中山的秘书，也是第一个把马克思介绍到中国的理论家，他在《实业是不是这样提倡？》一文中，认为穆论荒谬，实业家不能以救国为理由大赚其钱，只有根除分配不公，才能实现社会进步。这场大辩论把大名鼎鼎的陈独秀也卷了进来，他在《新青年》上刊登《上海厚生纱厂湖