然而，大论战的帷幕一直没有落下。自2004年夏秋之后，一些人利用产权改革中的不公平和腐败现象，一再攻击中国的市场化改革。成为“明星”的郎咸平也越来越走向极端。他甚至对政治改革发动攻击，说是“民主和民意监督根本解决不了中国各级政府的腐败以及低效率”，“在此我呼吁中央政府进一步加强执政能力，以严刑峻法贯彻以民为本的思维”。他还以中国电信等垄断性公司的业绩来证明“中国国有企业从来不比民企差”。
2006年3月，在全国政协经济界的小组讨论会上，几乎从未在公开场合点名批评同行的吴敬琏罕见而直截了当地对郎咸平2005年11月发表在香港《亚洲周刊》
讨会”。
在研讨会前的数日，郎咸平宣布将邀请“中国著名经济学家”前来与他面对面地辩论。开会当日，“被邀”学者无一到场。郎咸平在演讲一开始，就以调侃的方式逐一点名哪些经济学家没有应邀。他说：“主办单位在我要求之下，邀请了主要的经济学家来到会场，但是很遗憾，今天我所谈论的题目，该参加的人员因为某些原因没有参加。为了证明主办单位是诚恳邀请所有人，今天我把邀请的人做一个汇报，有吴敬琏、张维迎、林毅夫、茅于轼等，今天谈的学术性主题就是批判主导中国产权改革20年的新自由主义学派。”
就当郎咸平在北京“点名批判”的时候，吴敬琏在深圳参加“中欧国际工商学院华南论坛”。8月29日，在他结束演讲回答听众提问时，如何看待“郎顾之争”自然成了被追问的话题。他对此讲了三层意思：第一，利用国企改制之机蚕食和鲸吞公共财产不是个别现象，应当对这种现象作坚决的斗争；第二，对于郎教授指控一系列企业家盗窃国有财产，自己没有调查研究，无法作出判断；第三，不能同意郎教授关于“国企效率优于民企”、“国企不能退出”的主张。
记者再问：“你如何看待经济学家在‘郎顾之争’中的表现？”
吴敬琏回答说：报上有篇文章，标题叫做《顾雏军郎咸平公案反思：经济学界为何集体失语》。经济学家并不是一个组织或者机构，每个人都是按照自己的研究独立地作出结论，所以也没有什么“经济学家的集体意见”。多少人赞成、多少人反对，然后作出一个决议，这有什么意义呢？当然，经济学家有义务维护学术自由。如果郎咸平教授受到压制、受到打击、受到迫害，任何一个公民、任何一个经济学家，都应该发表意见支持他。至于牵涉到一些具体的问题，你没有研究，怎么能够发表意见？有的评论说这次拷问了经济学家的良知，没有研究，不发表意见就是良知缺失啦？我觉得如果自己没有研究乱发表意见，才更有问题。
记者进一步问：郎咸平教授在昨天的研讨会上公布了请而不到的经济学家名单，第一个就是你，你怎么看？吴敬琏温和地答道：“我没有收到过任何邀请，所以没有应邀不应邀的问题。我估计是报刊误报了，我想郎教授不会说这样的话，他到底是我的一个朋友嘛。”
让吴敬琏没有想到的是，在不久后的一个公开场合上，过去与他关系不错的郎咸平回避了到底有没有发出邀请的问题，而是断然声称：“我没有朋友，我也不需要朋友。”这样的公开表演，让吴敬琏非常不满，以致在风波过后一两年，当郎教授一再致电给吴敬琏，邀请他参加自己的课题研究时，吴敬琏再也不愿，也不敢和他有所交往了。
郎咸平发动的这场“讨伐”，让他如愿以偿成了一个明星级经济学家以“独立学者”自成一方；而那些在过去几十年里一直为改革出谋划策的学者则被划入了“误导中国改革的新自由主义主流经济学家”之列。在某些不明就里的民众看来，这些人真的都已成为既得利益集团的一部分。他们的“良知”被金钱收买了。
就这样，吴敬琏陷入了前所未有的尴尬境地，不久前他还被赞颂为“社会良心”，如今却遭到被利益集团收买的指控。而更错综复杂的是，对他的攻击来自两个不同的方向：一向视之为“眼中钉”的“左派”网站发表文章，认定这是“吴敬琏们黔驴技穷”的表现；而北京的一些媒体则指责说，吴敬琏既不肯定郎咸平的指控，又不“拿出事实和数据来驳倒郎咸平”，是在玩“太极推手”。日后来看，吴敬琏尽管不习惯这样的状况，不过却没有给他带来太多的困扰，他仍然率直发言，从心而论。根本的原因是，这个人并无私利可言，他没有与任何企业达成过利益上的勾连，他不炒股票也不做投资，他的子女或亲戚都不从事商业活动，甚至，年过古稀的他对名利本身也已失去了追逐的热情。
直面汹汹而来的攻击，吴敬琏忧心的，并不是他个人的声誉，而是中国改革和发展的前景。2004年12月，吴敬琏在《经济观察报》年会上发表主题演讲《现代化中国的临产阵痛》，他在一开始就说：“我们注意到，近来社会上散布着这样的疑问：改革以来，问题和矛盾不但没有减弱，而且有加剧的趋势，它是否表明改革开放的大方向出了问题，需要改变？这是最近几个月来各种场合讨论的一个中心问题。”继而他给出了自己的思考：“我认为，问题不是出在改革的大方向上，而是与一些跟这个改革大方向相背离的做法有关……所以，我们要减轻临产阵痛的正确途径不是‘堕胎’、‘开倒车’，而是坚定而稳妥地推进改革开放。”