（2）要依据国家宪法（基本法）建立透明的法律体系。所谓透明，就是要在制定法律的过程中有公民的广泛参与，把政府决策和运行的程序和方式通过法律作出具体、清楚和有效的规定，法律必须要让受调节者普遍知晓，法律不能追溯行使，等等。在确保法律反映民意的同时，也要充分征求专家的意见，使之符合法律的技术性要求。
（3）要完善司法体系，实现独立审判和公正执法。在执法方面，需要有高素质的、独立的法院系统
然在起作用的列宁的社会主义政治体制模式遇到了我们在经济改革中建立起来的市场经济体制的挑战”。经过20多年的改革，中国社会的经济基础已经发生了根本性的改变。列宁的“国家辛迪加”已经为多种所有制经济共同发展所代替，社会主义市场经济体制正在形成，然而政治体制仍然大体保持列宁、斯大林时的模式，而这一套以行政命令为主，直接对社会经济活动进行全面干预的体制是与利益主体多元化的市场经济不相衔接的。这就导致社会上层建筑与它的经济基础之间的矛盾冲突。他引用邓小平在1986年9月的话说：“不搞政治体制改革，经济体制改革难于贯彻。”
在论文中，吴敬琏说，未来政府体制或政治体制的基本框架已经明确，政治上层建筑方面的目标是实现社会主义民主，文化上层建筑方面的目标是实现高度文明，但是应当更加具体：什么是社会主义民主制度的基本架构？需要对它作出正面的界定。现有的一种界定是，它集中表现为人民代表大会制度。如果是这样，对于什么是人民代表大会制度、如何改善人民代表大会制度，保证人民群众通过一整套机制行使当家做主的权利，使国家意志反映多数人的意志，同时确保少数人的合法权益不受侵犯，也需要有具体的设计。
吴敬琏的声音不是孤独的，10多年前与他一起设计经济体制方案的学者们也在做同样的思考。
在2000年第3期的《经济社会体制比较》上，时任美国马里兰大学经济学教授的钱颖一发表《市场与法治》一文，提出市场经济有“现代与传统”、“好与坏”之分。钱分析认为，在当前世界上，宣称实行市场经济的国家占了绝大多数，但是建立起规范、现代的市场的国家并不多，原来实行计划经济的国家进行市场化转轨，弄得不好，也往往掉进坏的市场经济的陷阱。钱颖一还总结了传统的或者说坏的市场经济的若干特点，其中之一就是“对经济人和其产权而言，政府（或国家）不受制度的约束。比如，政府可以随意增加税种，提高税率；又比如政府可以任意干预经济活动，限制交易。这就导致经济实体的产权得不到制度保障，从而易受政府的侵犯”。关于好的市场经济，钱颖一的定义是“建立在公正、透明的游戏规则之上的，即法治的市场经济”。
吴敬琏对钱颖一的观点非常欣赏，他在一篇文章中说：“一部分人，包括我自己，曾经天真地认为，只要建立市场经济就好了，不管是什么样的市场经济都能保证经济的昌盛和人民的幸福。但实际情况并不是这样，市场经济是有好坏之分的。”
他尤其认同钱颖一将“法治”（ruleoflaw）”与“法制”（rulebylaw）区别开来的做法。在他看来，“立刀之制”与“有水之治”实在有天壤之别，前者指的是“用法律作为工具去统治老百姓”，后者则是“法律高于一切，所有人都要受法律的制约”。在1957年之后，反对“人治”、主张“法治”被说成是“右派言论”，所以在中国只能讲“法制”，而不能讲“法治”。此后的很多年里，在发表演讲或接受采访时，讲到“法治的市场经济”，他必特意强调是“有水之治”，而非“立刀之制”。
在口述史中，他还讲了两则轶事。在“十五大”报告提出“建设社会主义法治国家”的口号后，钱颖一从美国给他打电话说，新华社播发的新闻稿中，把“法治”（ruleoflaw）错翻成了“rulebylaw”，造成了不好的影响，请他向领导反映，要求改正。另外有一次，吴敬琏在中央电视台做了一套节目，其中谈及“法治”，可是电视台在配字幕的时候，把“法治”打成“法制”了。他当即给编辑去电，要求改正。第二天第二辑节目播出，法治又打成了“立刀之制”。他只好再去电询问，编辑答复说，本台规矩很严，字典上没有的词组一律不得使用，他查了新华字典，上面只有“法制”一词，而没有“法治”。吴敬琏听罢，只好徒呼奈何。
2001年11月15日，为了准备“十六大”，吴敬琏参加由总书记江泽民主持召开的一次理论座谈会，递交了一篇书面发言稿《全面建设社会主义市场经济体系》，继续从建设市场经济的角度，陈述他对政府体制改革的观点。他建议：“当前特别需要强调以下三个理论观点：一，社会主义经济是建立在多种所有制共同发展基础上的市场经济；二，它是追求社会公正和共同富裕的市场经济；三，它是法治的市场经济。”
接着，他提出为“建立社会主义法治国家”，需要抓紧做好几项基础性工作：
（1）在干部和群众，特别是各级领导干部中树立法治观念。法治观念是当代先进文化的一个重要组成部分。它意味着体现基本正义的法律体系，首先是宪法，高于所有人的意志，政府和政府官员的权力也要由它界定，受它的约束。