2000年6月17日，吴敬琏在西安参加“中国经济50人论坛”的一个研讨会，做了题为《新形势下政府体制改革的总体目标》的主题报告。这是一份深思熟虑后提出的改革策略书。②
他在开场白中就说：“改革搞了20多年，我们对经济改革的目标和途径的认识已经比较清楚了。但是，对于政府改革的基本思路，研究得并不是那么透彻……迄今为止，政府体制改革还停留在一些比较表面的、极其有限的目标之上。这就好像我们在20世纪80年代初期对待经济改革那样，仅仅是感觉到了存在的问题。”
吴敬琏进而分析政府体制问题的根源，他认为，“我们的政府体制需要改革，根本的问题在于，目前仍
在他看来，1994年之前，中国的改革主战场在国有体制之外，是所谓的“增量改革”。之后随着整体改革方案的实施，改革的主要对象转变为体制内的诸多领域。东亚金融风暴之后，特别是2001年中国正式加入世界贸易组织，市场化经济改革的主轴似乎已不可逆转。但是，经济改革的“大关”还没有过，要过“大关”，主要涉及国有经济和法治等政治层面的改革，所以，改革战场就应该进一步拓展。20多年前，当中国改革开放刚刚起步之际，那个被邀请来京“传经”的波兰经济学家布鲁斯所告诫过的那段话在此时“应验”了——“经济体制改革要以社会体制改革为条件，必须从制度上采取措施，才能保证不再回到旧轨道上去。归根结底，改革是政治和社会问题。”
在晚年的口述史中，吴敬琏说，进入21世纪之后，他主要关注两个命题：一是如何建立一个公正、法治的现代社会，一是中国经济增长模式的抉择。也是从此之后，他继“吴市场”之后又有了一个新的称号——“吴法治”。
2002年入秋，吴敬琏和江平在上海创建上海经济与法律研究所。
江平出生于1930年，与吴敬琏同龄，他曾任中国政法大学校长、七届全国人大法律委员会副主任委员，与谢怀和梅仲协两先生一起被誉为“中国民法三杰”，是新中国刑法学和民法学的奠基人之一。吴敬琏自述，他与江平原本并不相熟。2001年盛夏，中央领导邀请数十位有杰出贡献的学者去北戴河度假，江泽民在期间接见了大家。吴敬琏和江平均在此列。“就是在这次休养的时候，我与周南，江平及他的夫人都在一起，我们就讨论了经济学与法学的话题。以前，我跟他几乎没有来往，只知道他是法学界非常出名的人物。没有想到，我们的观点竟非常一致，都认为应当在经济学和法学之间架一座桥梁，使经济性方面的改革和法律方面的改革能够肩并肩地向前推进。于是，就着手筹办了一个经济学与法学的研究所。”
在吴敬琏的思想史上，这是继20世纪70年代初期与顾准在劳改队里推研希腊文明之后，又一次把自己的视野拓展到了经济学专业之外的范畴。
经济学家离政治应该有多远？在中国，这是一个问题。亚里士多德称人为“政治动物”，因为在他看来，“政治”一词与“城邦”（polis）同源，每个人都是城邦的产物，势必关心并参与城邦的公共事务，正是人的社会属性决定了他“政治动物”的本质。曾经与顾准深入钻研过希腊城邦制度的吴敬琏当然对这一论述非常熟悉。不过，在相当长的时间里，吴敬琏——尽管他一度在“政治心脏”中南海工作——试图把政治与经济分开来思考。在90年代末期之前，吴敬琏的经济学见解是学术而温和的。
正是由于对人性善恶交织共生的复杂性有深刻的体认，吴敬琏从没有在自己的理论和方案中，对秩序和变动、理想和现实等形成对照的选项作出简单的选择，有时，他的态度甚至比较暧昧。而这种犹豫也正是转型期经济学家们的特征与魅力所在。他信奉有限度的、逐步实现的平等原则和市场化取向，为此，他愿意在两难之间寻找一条更为稳妥的道路。所以，在无数份政策建议中，他一般不会拘泥于门户之见，而愿意采取一种更加务实的态度，博采各家之长。例如在80年代初期的政策争论中，他一方面坚决支持改革派提出的商品经济（市场经济）改革目标，另一方面认为在改革问题上比较保守的人们抑制需求、降低速度、改善产业结构的主张是有道理的。而这也正是一些自诩为坚定的改革派的人们不满他的地方。在他们看来，吴敬琏是一个“改革派中的保守派，新人中的旧人”。
然而，随着中国经济改革的整体框架既定，然后权力却顽强地不肯退出微观经济领域，一些国有企业也不愿放弃垄断地位，这样，旧体制的种种固疾也被固化甚至放大。吴敬琏日益意识到，既得利益和机会主义的固化，特权和垄断，官僚依赖型的管制，对社会成本和环境的透支，使得中国的经济繁荣往往脱离不了畸形的影子。人们渴望繁荣，但不是非理性、寡头化、权贵依赖型的繁荣。正是在这样的时代背景下，要真正建成现代市场经济制度，如何重建公正与法治成为中国社会面临的最大挑战。
这里涉及到两大命题，一是政府的职能与角色，二是市场经济体系的完善。而要予以解答和建设，必须从法律和经济两个层面同时推进。