他写道：“当我在2000年年初着手编这本集子时，心情确实有几分沉闷和沮丧……从经济资源配置的角度看，可以说改革的‘大关’还没有过。特别使人沮丧的是，我们不得不继续谈论5年前我就已提出的问题，例如国有企业的低效率，日益猖獗的腐败，经济关系的混乱与失范，改革过程中财产再分配的严重不公，以及金融诈骗、股市泡沫、公权不彰、法治不行等等。”
10月，《财经》杂志刊登了一组封面调查《基金黑幕》，将中国股市中的“基金神话”一下子刺破了。这个“说真话的孩子”是一个28岁的无名小卒赵瑜纲，他是上海证券交易所监察部的研究人员，为了对基金管理的现状做一个例行的调研，他以1999年8月9日到2000年4月28日为区间，对国内10家基金管理公司旗下的22个证券投资基金进行了追踪，将它们在上海证券市场上大宗股票交易的汇总记录细致分析，写出了《基金行为分析》和
4月13日，新浪在纳斯达克股票市场正式挂牌交易，融资6000万美元，国内舆论为之雀跃欢腾。然而，几乎就在同时，一个不可思议的事情突然发生了：从4月起，一直高傲地一路上飙的纳市在毫无预兆的情形下突然调头下坠，综合指数在半年内从最高的5132点跌去四成，8.5万亿美元的公司市值蒸发，这个数值超过了除美国之外世界上任何国家的年收入。经济学家斯蒂格利茨用黯淡语调评论，“泡沫破灭了，经济陷入了衰退，这种结果的发生是无法避免的——建立在虚假根基之上的喧嚣的90年代，最终将走向终结”。
吴敬琏的这段话好像在一盆正熊熊燃烧的火焰上，兜头浇下了一瓢冷水，当即溅出四射的火星。第二天，各大媒体及门户网站都发出了新闻：“经济学家吴敬琏给网络股泼冷水。”
据此，他提出了“目前在经济改革方面需要重点解决的四个问题”：
在解释什么是“改革的大关”时，吴敬琏是这样回答的：“现在改革的大关还没有过，就是因为体制未改的国有部门还支配着一些重要资源的主要部分。这是当前许多困扰我们的经济问题的一个总的根源。”
可是，吴敬琏偏偏要说这个“帷幕”上爬满了跳蚤，他的言论遭到了嘲笑和批驳。有人为“泡沫”欢呼，说“没有泡沫的啤酒不是好啤酒”。两位网络观察家撰文反击，并在网上放了一个10万字的资料，号召大家起来批驳吴敬琏的“泡沫论”。在论战中，甚至连他70岁的年龄也被拿来当话题，年轻人们用嘲讽的口吻写道，“未来属于你们，也属于我们，但归根到底属于我们……知会并要求您上一上互联网，来与我们共同感受大时代涛声的澎湃！”2000年3月9日，纳斯达克指数赫然突破5000点，举世一派欢腾，吴敬琏的声音愈发显得好笑和荒唐。
记者接着追问：“就算是基金管理公司出了一些问题的话，按照您的说法这笔账应该记到谁的头上？”
那段时间里，有关方面正在隆重纪念中国证券市场恢复10周年，歌颂和总结的文章正层出不穷。《财经》对基金业的揭黑以及吴敬琏的呼应，无疑让部分管理高层人士很不舒服。吴敬琏多年的学术搭档周小川于2000年2月刚刚调任证监会主席，他提出“资本市场要在规范的基础上发展”，而一些人则对此攻击说，“规范，规范，再规范，就会搞垮中国资本市场”。日后吴敬琏回顾自己之所以挺身直言时说，“《财经》发表《基金黑幕》之后，公众表达了极大的关切和义愤，但揭开还是捂住黑幕的交锋还处在对峙之中，人们便期待着经济学家的声音。在这种情况下，我接受了中央台的采访”。
吴答：“资本市场要扩大，应该要吸引越来越多的人进行直接投资，应该说是好的现象。但是全民炒股，讲的就不是投资了，我看是不正常的。这说明我们没有为我们的大众，提供一个好的投资机会……我们没有给我们的大众准备这样好的投资场所，所以他只有在股市里面看涨落，希望通过这个能够得到回报。炒作过程中，赚钱的人赚的是谁的钱呢？他不是在生产发展中创造财富得来的钱，而是从别人的口袋里转到他的口袋里，靠这个炒作来让一个民族富起来，这就像拔着自己的头发要离开地球一样，是不可能的。美国有个经济学家叫加尔布雷思，他说美国人特别健忘，20年前被崩盘咬了一口，过了20年又忘了。我们这个忘性更大，几个月就忘了。”
早在一年前，他的朋辈和弟子们就开始筹划祝贺之事。当时吴敬琏正在匈牙利布达佩斯高等研究院学术访问，他发回电子邮件表示，“大家的心意我是很感激的，但不要搞对我个人的歌功颂德，最好的形式是大家聚在一起，对我们共同的改革事业（不是个人的成就）作一次系统的回顾和展望”。经过讨论，朋友们同意以举办学术研讨会来表达对他的敬意，同时出版一部经济论文集，来纪念他在半个世纪中的辛勤耕耘。