在提高国际金融风暴应对能力的同时，中央政府在国内市场方面采取了强有力的政策措施刺激经济增长。
从1998年到2001年间，当局发行长期建设国债5100亿元，各大国有商业银行发放同等额度的“配套资金”，主要投资于基础设施，如高速公路、交通、发电和大型水利工程，很快刹住了投资下滑势头，同时，中央银行先后7次降低存贷款利率，增加了货币供应。
在扩大投资的同时，各项市场化的改革也迅速推进。吴敬琏认为，最重要的有四项。
一是进一步加快了产权改制，在后来的几年里，数十万家中小国有企业和乡镇企业改造为产权清晰、市场导向的民营企业。中央政府一再倡导对中小企业实施宽松的金融政策，各省相继成立了中小企业信贷担保公司和基金公司。民间投资迅速升温，1998年之后的4年中，国内民间固定资产投资的平均增幅分别为20.4%、11.8%、22.7%和20.3%。
二是加大对外向型经济的扶持。国务院相继出台政策允
央的一份咨询研究报告中写道，“如只求拉动1998年的增长，不择手段，大撒大放，将不但不能促进有效率的增长，还将招致严重的消极后果”。
所以，摆脱危机的道路，只有靠市场化的改革启动企业的微观活力。
4月24日，朱镕基召集新一届国务院与全国政协常委会举办了对话会，商讨国有企业下岗职工再就业的事宜。上千万的下岗工人成为严重的社会问题，不少地方已经发生恶性事件。当时，有关部门形成了一个工作意见，主要的办法有3条，一是“有计划”地控制企业裁员；二是在企业建再就业中心，把企业下岗工人收容培训，再帮助他们找工作；三是严格控制农民工进城就业，以便腾出岗位来消化国有企业下岗人员。吴敬琏认为这些办法都行不通，因为整个宏观环境在恶化，靠“堵”的办法无法解决问题。他提出，解决下岗工人问题必须多做“加法”，要把发展中小企业作为开辟新的就业门路的工作重点。政协副主席、全国工商联主席经叔平引用数据说，在1997年，非公有制企业总共吸纳了353万个国有企业下岗职工，因此，切实为中小企业营造良好的经营环境，才是真正的解决之道。在具体的政策执行上，吴敬琏建议成立国家小企业发展促进局，同时，改善中小企业的融资、供销、交易等环境，在信贷政策上给予松动和支持。原国家工商行政管理局局长刘敏学等也提出了“民营中小企业是国企下岗职工稳流的主渠道”。董辅等学者也表达了类似的意见。
吴敬琏等人的意见当即得到了朱镕基的首肯，他指示国家经贸委尽快组建中小企业司，以帮助其发展，同时督促各商业银行对中小企业执行松动的放贷政策。吴敬琏日后说，1998年年初的一“放”（放松信贷）一“加”（加大对中小企业的扶持），为中国经济走出困局起了重要作用。
进入6月，连老天爷也来凑热闹，长江流域遭受百年一遇的大洪水，29个省市受灾，死亡4150人，直接经济损失2551亿元人民币。当时，全球舆论几乎异口同声地宣称：人民币如果不贬值，中国经济将举步维艰。
就在洪水刚刚退去的时候，6月30日到7月8日期间，吴敬琏南下浙江，行程一千公里，先后在绍兴、温州和义乌等地实地调研。回到北京后，他迅速写成《对经济形势的估量和对策建议》呈报国务院。
在这份报告中，他用惊喜的口吻写道，我看了一些工厂，找了许多地方干部和企业负责人谈话，我对这些地方的经济活力虽然闻名已久，但亲身了解它们的实际表现以后，仍然对其所取得的业绩感到惊讶。这些地方成千上万中小企业的生产发展、产品质量提高速度，以及它们的国际营销能力使我深受鼓舞。1998年1到5月，温州市工业增长12%，大大高于全国工业增长的平均水平，浙江省的同志们说，他们完成全省GDP增长10%的计划没有大的困难。照我看，其原因就在于广大具有很强活力的非国有中小企业已经成为浙江省经济的主力。
在乱云横飞之际，吴敬琏的发现无疑给朱镕基以深刻印象，从而更加坚定了以改革手段扶持中小企业的决心。7月23日，国务院研究室《决策参考》全文刊登吴的这份报告。根据朱镕基的亲自修订，研究室把吴给朱的信改成编者按放在报告正文的前面，其中写道：“中小企业所蕴涵的巨大的和有待开发的潜力，显然是克服当前困难、走向新的高潮所应当依靠的力量，这使我们更加坚定了对我国经济发展光明前景的信心。”
这期《决策参考》传到浙江，省里的领导也非常振奋，因为在过去几年里，他们因支持民营中小企业发展而被某些人士认定为“走资本主义道路”，现在，这顶帽子可以摘掉了。
在7月份的这篇报告中，吴敬琏还对当时呼声很高的“人民币贬值”一事提出了自己的看法，认为“近期内主动贬值显然不是时候”。理由是：我国对亚洲各国出口不振，主要的原因并不是人民币坚挺因而中国商品竞争力相对削弱，而是进口国购买力严重不足，人民币贬值并不能使这方面的状况有根本改善，反而可能造成经济上和政治上的不利后果。他给出的建议是，应当改善外贸经营，提高退税率，增加出口信贷和出口附加值，以及提高产品质量。