就在这篇论文发表的同时，吴敬琏与他的学生刘吉瑞合著的《论竞争性市场体制》一书由中国财政经济出版社出版了。此书的主旨与论文完全一致，汲取了新古典经济学资源配置理论和社会主义经济改革理论的精华，总结国内外尤其是我国前10年经济改革经验教训，更为系统地阐述了社会主义市场经济理论和体制转轨的策略原则，并提出了许多对当前和今后一个时期的改革发展的政策建议。在此书的序言中，吴敬琏以挑战者的姿态写道，“有些同志总是习惯于把计划经济等同于社会主义经济，把市场经济等同于资本主义，认为在市场调节背后必然隐藏着资本主义的幽灵。随着改革的进一步深化，越来越多的同志开始懂得：计划和市场只是资源配置的两种手段和形式，而不是划分社会主义与资本主义的标志。”
据吴敬琏回忆，此书初稿完成后，江西一家出版社曾表示愿意以最高规格出版，但在1989年的风波以后就放弃了。后来，工业经济出版社表达了接受意向，不过提出要删去“市场经济”等字眼，吴敬琏断然拒绝说，宁可不出版，也不能删。一直到了1991年3月，书稿转到了中国财政经济出版社，该社总编辑在终审意见中写道：“我通读了吴敬琏同志这部书稿，与初审姜志辉、复审袁中良同志有相同的看法，认为这是一部很有见地、很有参考价值的著作……应及时、公开出版。但考虑近来报刊关于姓‘社’姓‘资’的讨论，我有些寒噤。”最终，在再三斟酌之后，中国财政经济出版社由社长、总编辑、责任编辑三人一起签字——如果因此遇祸，则一同进退，决定“冒险”出版这部著作。
《论作为资源配置方式的计划与市场》和《论竞争性市场体制》的发表及出版，在政经两界引起极大震动。日后，它们被看成是中国学者在理论的高度上
相望，竟是不合，均知这一别就可能是此生永诀。
从1992年第一期起，吴敬琏慨然接过《改革》编务，与蒋一苇合署主编，1993年1月，蒋去世。吴敬琏接手杂志后，定题组稿，帮助培养一批特约撰稿人，事必亲躬，投入巨大精力。在整个90年代，《改革》是中国经济改革的一个思想重镇，吴敬琏以及多位学者的最新观点大多首刊于此，在1998年，经济理论界最高奖项——孙冶方经济科学奖授予11篇论文为当年最佳理论文章，其中有5篇出自《改革》，为一时之盛事。吴敬琏可谓不负蒋氏所托，他主编此刊一直到2000年，此后出任名誉主编。
所谓的一篇长文和一部著作，指的是1991年12月发表的长篇论文《论作为资源配置方式的计划与市场》和几乎同时出版的《论竞争性市场体制》一书。
这一文一书，是吴敬琏的呕心沥血之作，就在与“计划派”舌辩的同时，他坐下来，用理论的武器全面阐述了他对中国改革的观点。
《论作为资源配置方式的计划与市场》是一篇正文加附注约3万字的长篇论文。吴敬琏以他对计划经济体制和市场经济体制理解的双重娴熟，对计划与市场的经济关系进行了全面、深刻的论述，它是吴敬琏一生之中最重要的理论檄文之一。
在论文的开篇，吴敬琏就摆出了决辩的姿态。他写道，自从近一个世纪以前提出公有制经济的运行问题以来，市场和计划的关系就几乎成了社会主义经济学的“永恒主题”。近年来，我国经济界又就计划和市场、计划调节和市场调节、计划经济和市场经济（商品经济）的关系等问题反复进行了热烈的争论。撇开语义上的分歧，争论主要集中在作为稀缺资源的配置方式的计划和市场之间的关系问题上。
在论文中，他从亚当·斯密和马克思对市场资源配置机理的阐述开始，分别讲述了100多年以来，西方新古典经济学、列宁主义、斯大林主义和中国经济学界对此的不同理解和实践，最终得出分歧的实质和问题的焦点是：“社会主义经济是否只能按照预定计划在社会范围内配置资源，让主观编制的指令性计划成为稀缺资源的主要配置者？”
吴敬琏给出的答案是否定的。他比较了多种经济运行体制之后总结说：“总之，现代市场经济无一例外地是有宏观管理、政府干预或行政指导的市场经济，或称‘混合经济’。就是说，这种经济以市场资源配置方式为基础，同时引入政府等公共机构通过计划和政策对经济活动进行调节。显然，我国的社会主义有计划的商品经济具有与此相类似的运行机制。
最后，他回到中国的经济现状，指出“在多种经济成分并存，非国有成分放得比较活的情况下，想用强化指令性计划的办法来加强、支持公有制经济，恐怕难免落空”，对于恶劣的经济环境，中国必须靠建立新经济体制来加以根治，不可能有别的出路。他同时建议说，经过从1988年9月到1989年9月一年的治理，物价涨势迅速回落，甚至出现了所谓“市场疲软”的现象，这就给了大步推进改革以十分难得、稍纵即逝的机会。
吴敬琏把这篇长文交给了《中国社会科学》杂志，编辑部对是否应该发表犹豫再三，最终在经济编辑室主任韩志国的坚持下，于1991年12月份予以发表。一个值得记载的细节是，整整10年之后，吴敬琏因对资本市场的无序状态猛烈批判与众多经济学家形成对峙，激起了一场轰动一时的大论战，其中，韩志国就是最主要的反对者之一。