在清晰地阐述了自己观点之后，厉以宁接着说明了企业改革的具体办法，那就是通过“先包后股”、“先股后包”、“又股又包”或“只股不包”等办法，把国有企业改造为“真正自负盈亏的公有制企业”。到了之后的1988年，他所领导的北京大学课题组向国家体改委提交了一份《1988~1995年我国经济体制改革纲要》，提出了更明确的改革时间表，建议改革的首要任务是用8年左右的时间明确企业产权关系，实现企业的公司化。应把企业经营机制的改革与企业产权关系的改革联系起来，把非规范化的承包与规范化的产权改革联系起来。1988年至1990年，完善与发展企业承包制，股份制继续试点；
自1984年的十二届三中全会之后，改革的市场化取向已成当时的共识，然而，市场化的改革到底该走怎样的路径，如何在公有制条件下引入市场机制，却成了接下来的争论焦点。有人提出“关键是价格体系的改革，其他的改革围绕价格改革来进行”，还有人则提出“改革应以企业改革为主线”。
“价格体系的改革”之所以被如此看重，与当时实行的一种特殊的价格制度——“双轨制”有关。在计划经济体制下，物资分配体制以行政指令为手段，价格完全由国家有关部门控制，结果是企业被管死，效率和效益无比低下。从1981年开始，国家允许在完成计划的前提下企业自销部分产品，其价格由市场决定。这样就产生了国家指令性计划的产品按国家规定价格统一调拨，企业自行销售的产品价格根据市场所决定的“双轨制”。在物资空前紧张的短缺经济环境下，“双轨制”一方面打开了计划体制的一个缺口，为体制内企业的搞活以及体制外乡镇企业获得原材料创造了空间，另一方面也形成了一个寻租和腐败的土壤，特别是在经济过热、供求矛盾尖锐、计划价格与市场价格之间高低悬殊的时候，某些不法之徒，大搞权钱交易，钻“双轨制”的空子，从中渔利，大发其财。因此，进入80年代中期之后，对扭曲和双轨的价格体系进行“并轨改革”成了一个十分重大的命题。
在《中共中央关于经济体制改革的决定》中，有一段纲领性的文字：“增强企业活力是经济体制改革的中心环节……价格体系的改革则是整个经济体制改革成败的关键。”那么，“中心”与“关键”有没有先后，如果有，又是谁更优先？这份文件没有明确定义。以此为分野，中央决策层仍然存在着很不相同的见解，相对应的，理论界就形成了两个针锋相对的流派，一个是“企业主体改革派”，一个是“整体协调改革派”，两派观点各有出入，一时形成了混战之势，双方主将，一是厉以宁，一是吴敬琏。
在中国经济学家中，厉以宁是最早提出企业改革必须走股份制道路的人之一，因此，他被称为“厉股份”。②早在1980年4月，在中共中央书记处研究室与国家劳动总局联合召开的劳动工资座谈会上，他就提出应该用“新型所有制”——股份制取代传统国有制。8月，在国务院召开的劳动就业会议上，他再提实行股份制。据陆昊在《厉以宁》一书中记载，当时，与他持同一观点的经济学家有于光远、童大林、董辅等。
在中国经济改革中，“增强企业活力”始终被置于中心地位。一直到90年代初期，很多人仍然坚定地认为，在不改变产权性质的前提下，只要给国有企业放权让利，就能够让企业改革取得成功。厉以宁的股份制方案无疑是对这一观点的挑战。
因此，在设计改革总体思路时，厉以宁认为，应以企业制度的改革为主线。
1986年3月，国务院负责人提出价税财配套改革的方案，并责成建立经济改革方案设计办公室，负责价税财配套改革的方案设计。4月，厉以宁明确提出反对当时拟议中的价格改革，主要的理由有三个。第一，中国当前所面临的不是市场均衡体系，企业仍不是真正独立的商品生产者，价格机制扭曲，市场体系和功能均不健全，社会总需求超过总供给，从而导致商品短缺，因此，设计未来的改革方案，不能以价格为突破口。商品价格以生产要素为基础，生产要素的价格又以所有制为基础，因而价格说到底是市场当事人之间转让所有权的交易条件，没有有效的所有制结构，就不可能有对企业和消费者都有效的财产权利关系的约束，也就不可能有真正合理的价格体系。第二，在短缺经济中存在较多数量配额的条件下，力图以放开价格来刺激经济趋于稳定增长是不现实的，这一点已为东欧改革实践和西方经济运行事实多次证明。第三，商品经济下的价格制度，与其说是中央政府放给企业的，还不如说是企业真正成为商品生产者之后自我创造出来的。
因此，在厉以宁看来，市场定价制度的实现，只能是企业改革的归宿，而不是企业改革的突破口。作为全部经济体制改革的核心，必然是企业制度本身的重新改造，即“建立真正自负盈亏的全民所有制企业”。
由这些论述可见，厉以宁的“非均衡理论”与他对股份制的倡导是互为犄角、自成体系的，有着内在的理论逻辑。