第一个问题是改革的目标模式，也就是改革的目标模式和朝市场经济的过渡步骤。科尔内在这个问题上给出了有意思的概念构造。
巴山轮会议对决策的直接影响是明显的。
巴山轮会议一直开了6天，到9月7日结束。在闭幕式上，马洪代表中方致闭幕词，为会议做总结，全面阐述了中方对“有计划商品经济”体制的理解。这篇讲稿是吴敬琏和田源起草的。
十二届三中全会的成果，让薛暮桥、马洪和吴敬琏们兴奋了好一阵子，不过很快，现实让他们陷入了新的焦虑。随着经济的复苏，“一放就乱”的老毛病又犯了，物价再次大乱，通货膨胀的火苗蹭蹭地往上蹿。
在中国改革史上，巴山轮会议是一个标志性事件。
20世纪80年代中期，中国经济风云跌宕，阴晴迭变，面对完全陌生的经济环境，学者圈对经济形势的判断及方案提供，极大地影响了中央政府的决策。在某种意义上，这是经济学家对政策影响最大的一个时期，同时也是百家争鸣，辩驳得最激烈和精彩的一个时期。
从1984年的10月份起，信贷增长已经严重失控，12月的银行放贷总额比上年同期猛增48.4%，全年增长28.9%，四季度国有企业的奖金发放同比增加了一倍多。国务院在11月份下发紧急通知，规定本年度增发货币不得超过180亿元，而实际上全年增发了262亿元，比上年同期增加49.5%，通货膨胀即物价全面上涨的前景已经明显出现。这是自1978年以来，第一次在转型中的经济体制内部生成的通货膨胀。
所以，在这个意义上，巴山轮会议是中国经济学界在理论思想上告别东欧模式和“市场社会主义”的一个象征性“仪式”。
正是在大论战的背景下，1985年9月2号，一条游轮缓慢地从山城重庆驶出，顺长江南下驶向武汉。
对于棘手的经济局面，中央高层产生了分歧，主要是国务院系统与中共中央书记处形成了“必须调控”与“反对调控”两种意见。受此影响，在经济学界也很快出现了对峙的两派，一派学者认为，必须严厉调控，另一派学者则认为，不必调控。由此，引发了改革史上又一场重大的论战。
吴敬琏日后说，正是参加巴山轮会议上外国专家的一致诊断，使国务院领导坚定了实施宏观稳定政策的信心；而且他们对中国宏观经济政策的看法，也被吸收进几天以后中共全国代表会议（9月23日）通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第七个五年计划的建议》中。
关于这次会议还有一个有趣的细节。巴山轮从重庆开出时，就引起了国内传媒和理论界很大的兴趣，人们都希望早点知道讨论的结果。然而，会议是在完全封闭的情况下进行的，传媒只能凭自己对改革的认识作出猜测。上海的《世界经济导报》——这是当年中国影响力最大的全力支持改革的经济类周报——按照当时改革派中的流行观点，刊登了一则报道称，“外国专家认为，中国正处在调整经济
在这条名为“巴山号”的游轮上，聚集了当时中国最重要的、对政策制定有重大影响力的一群经济学家和学者型官员，他们决定“闭关推研”。这便是著名的巴山轮会议，会议的全称是“宏观经济管理国际讨论会”，由国家经济体制改革委员会、中国社会科学院和世界银行联合召开。中国政府对这次会议也十分重视，国务院总理在开会前就会见了全体外方专家，听取他们的意见。
很明显，这则报道把专家的意见彻底地拧反了，吴敬琏不得不给编辑部写了一封信予以澄清。他在信中说，“外国专家们认为，一个最令人不安的迹象是，出现了工资——物价螺旋式上升的趋势，他们建议财政政策、货币政策和收入政策三管齐下……”
不过，这样的景象没有持续多久，到1986年的夏秋之际，从紧政策突然被放弃，经济再度升温，从而导致恶性通货膨胀卷土重来，并最终在两年后以一次惨烈的“闯关”失败而告终。
除了诊断迫在眉睫的通货膨胀问题之外，巴山轮会议上还讨论了其他几个重大的经济改革命题，其中，对后来的中央决策产生了重要影响的有两个。
调控派的代表人物是老经济学家薛暮桥和社科院副院长刘国光。他们认为，从国际经验来看，通货膨胀不利于经济发展和经济改革。中国的主要改革任务是价格改革，它需要一个总需求与总供给基本平衡的宽松的宏观经济环境，政府的财力要有余地。因此，政府应该采取果断措施抑制通货膨胀，控制总需求，改善总供给，在经济的体制环境得到治理的条件下，第一批的改革措施才能迅速推进。