举扳倒，于是，由学部“联队”出面，按照“打倒谭震林，炮轰陈毅、李先念，孤立周恩来”的策略，策动一些学校的红卫兵，掀起了声势浩大的“反二月逆流运动”。
吴敬琏回忆当年的景象时说：“当时最使我反感的是所谓的‘反二月逆流’。学部的人可以看得很清楚，红卫兵对一些老领导人的冲击完全是按照上面的部署进行的。他们通过‘联队’与高校和政府机关的造反派组织联系，将这一部署变成‘群众提出的要求’，然后由上面表态，‘支持革命群众的正义要求’。例如，他们对谭震林的定调是‘打倒’，过两天真的打倒了，陈毅是‘炮轰’，真的被炮轰。这完全不是什么群众运动，而是操纵和运动群众。当时，我们不敢怀疑江青，怀疑谁呢，怀疑‘中央文革’其余那些人，特别是康生。”于是，吴敬琏和他的朋友们参加了1967年年初从“联队”分裂出来的“非联非总”的第三派群众组织：“革命大批判指挥部”（简称“大批部”），它的主要成员是经济所里的“中间分子”和学术骨干。
“反二月逆流”后不久，学部和吴敬琏很快又卷入了一个更大、也更凶险的政治漩涡——“五·一六事件”。
1967年5月初，北京街头突然出现了一些题为“揪出二月黑风的总后台——周恩来”、“周恩来之流的要害是背叛《五·一六通知》”、“周恩来是毛泽东主义的可耻叛徒”的传单和大标语，署名“首都五·一六红卫兵团”。北京的群众对这一行径表示极大愤慨。“大批部”的一些成员认为，“五·一六”可能与吴传启、林聿时等人有关系。吴敬琏还和经济所的赵人伟一起，躲在“大批部”的堡垒——东厂胡同的中国近代史研究所里收集和整理材料，认为从思想脉络和提出的口号看，“五·一六”和学部“联队”的领导人是一丘之貉。
到9月，在“文革”的“极左”力量“反周”和“揪军内一小撮”失败以后，毛泽东批示指出，“五·一六”的组织者和操纵者，是一个用“貌似极左实质极右”的口号，刮起“怀疑一切”的妖风，“炮打无产阶级司令部的搞阴谋的反革命集团”，应予彻底揭露。
这时虽然已经查明，贴这些传单和大标语的是北京钢铁学院一个人数很少的“极左”学生小组织。可是江青等人却借题发挥，把“五·一六”定义为“炮打‘三红’（毛泽东、林彪和‘中央文革’）”，发动全国性的“清查‘五·一六’反革命阴谋集团”运动，打击反对派，刻意将清算运动扩大化。
1968年年初，首都工人毛泽东思想宣传队（简称工宣队）和中国人民解放军毛泽东思想宣传队（简称军宣队）相继进驻经济所，宣布要抓这里的“五·一六反革命分子”。可笑而具有讽刺性的是，在那个理性紊乱的年代，任何人都有可能是“反革命分子”。一开始，军宣队联合“总队”和“大批部”，把1967年后掌权一年多的“联队”骨干几乎全部打成了“五·一六分子”，就将学部全体成员下放到“五七干校”，接受贫下中农的再教育。吴敬琏回忆说：“他们要打倒谁，是一定能打倒的，而且有证据。比如，他们认定你填了加入‘五·一六反革命组织’的表，怎么让你‘主动承认’呢？就把3张表摆在你面前，你指一张，如果指的不符合他们的要求，就打；接着再指一张，直到指中了他们认定的那一张。”
眼看清查“五·一六”变成又一次打击异己、煽动群众斗群众的运动，吴敬琏成为“文化大革命”的“逍遥派”。身心疲惫的他一度对现实十分悲观，索性丢下经济学专业，转身着迷于装晶体管收音机，一直装到8个管，甚至买了元器件打算自己动手装一台电视机出来。他每天拿着电烙铁，到吃饭时间也不停，周南只好给他喂干馒头，嘴张一下，馒头喂一口，常常噎着。这时，倒是周南有个朴素的想法：国家不会一直这样下去，终究是需要知识分子，需要学问的。她劝吴敬琏停止这些手艺活儿。就在这时，1969年10月，主持军委工作的林彪下达了准备打仗的“一号命令”。接着，学部军宣队宣布，学部全体工作人员不分老幼，整体下放到河南信阳地区的“五七干校”。
“五七干校”首先是在地方产生的。1968年春季之后，随着刘少奇等人被打倒已成定局，党内政治斗争告一段落，该夺的权都夺完了，这时候，出现了一个问题：数以百万计的“靠边”干部该怎么处置？5月，黑龙江省把大批机关干部下放到农村劳动，在庆安县柳河开办了一所农场，定名为“五七干校。”它迅速被认定是一条很好的经验，全国各地的党政机关纷纷响应，在农村办起“五七干校”，大批人员被下放到农村参加体力劳动。仅中央所属各部委就先后创办了106所“五七干校”，遣送了10多万名下放干部和3.5万名家属。
为了到“五七干校”，军宣队把学部改成军队的连、排编制，文学所是五连，经济所是七连。1969年11月16日，这两个连作为“先遣部队”，先赴息县做基本建设。文学所所属的“第五连战士”中有著名的文学大师俞平伯、钱钟书等人。钱夫人杨绛在《干校六记·记别》一文中记录了当时的景象，“两连动身的日子，学部敲锣打鼓，我们都放了学去欢送。下放人员整队而出，红旗开处，俞平老和俞师母领队当先，年逾七旬的老人了，还像学龄儿童那样排着队伍，远赴干校上学，我看着心中不忍，抽身先