当时的经济所不到50个人，据吴敬琏的回忆，“没有什么马克思主义的经济学家”。它的前身是国民政府时期的中央研究院社会调查所，创所所长陶孟和，是英国伦敦经济学院的经济学博士，从事近代经济史、政治制度的研究，正是他，在全国解放后把全所从南京带到北京，中科院成立后，他升任副院长。代理所务的巫宝三是美国哈佛大学经济学博士，从事经济思想史方面的研究；副所长严中平，毕业于清华大学经济系，后留英进修，是近代纺织史方面的专家，显然，他们的知识背景及结构，已经无法适应计划经济的理论需要。
吴敬琏去报到的时候，代所长是狄超白，他是30年代就入党的老党员，早年从事政治经济学的研究，是1953年被派进的第一位党员所长，其余人中，唯一一个懂些马克思主义经济理论的是胡瑞梁，他早年在蒋经国的赣南干部训练班上，教过《资本论》。或许正是因为这样的原因，党组织需要急迫地往这里注入年轻的血液，从1953年开始，陆续有一些新人进入了经济研究所，周叔莲就是这一年分配到经济所的。1954年，与吴敬琏一起分配到经济所的有8个大学毕业生，其中包括张卓元、利广安、黄范章、刘厚成等人，吴敬琏是两名党员之一。第二年，又有一位叫刘国光的苏联副博士从莫斯科经济学院国民经济计划教研室毕业归来——他是1951年被社会调查所派出学习的。新的经济研究团队就这样渐渐构筑起来了，这些人日后均成为中国经济学界的支柱。
1955年，吴敬琏和另一位年轻
运动”，俗称“洗澡”运动。改造的对象是大学里的教授，而改造者就是像吴敬琏这样的“革命青年”。表现积极的他，成了文学院的“学生总代表”。有时上着课，发现老师的讲授有悖《资本论》的理论，就会走上台去，开展大批判。他后来回忆说：“那真是无知狂妄、强词夺理啊！”
就这样，在革命的风暴中忙碌了好一阵子，吴敬琏的肺病又犯了，只好再次住进学校的疗养院。在这里，他认识了一个长相娇小而秀气的女病友，名字叫周南。
周南是云南人，与吴敬琏同龄，比他小9个月，就读于金陵女大的教育系学前教育专业。他们的长女吴晓莲在《我和爸爸吴敬琏》一书中这样描述这对青年人的恋情——当时，两人都是金陵大学的学生。大学生们下乡参加“土改”时，吴敬琏因生病不能去，而周南参加“土改”回来后，也因发烧住进了疗养院。周南在疗养院一直发烧，肺炎转成了肋膜炎，吴敬琏时常过去安慰她说“别着急，我给你唱歌听”，两人就这样熟悉了。周南听当时经济系的同学说吴敬琏学习特别好，记忆力超凡，据说能背下整本《资本论》，这令周南对吴敬琏倾慕不已。周南的一个闺友劝她说：“你看吴敬琏那样，病恹恹的样子，你想以后做寡妇啊？”周南说：“我还是喜欢他，我就是觉得他特别有才。”
吴晓莲后来问周南：“您就是听人家这么一说，有没有亲自考考他，看他是不是真的能背？”周南答：“没有。我又没有看过《资本论》。”吴晓莲在自己的书中感慨说，也就是在那个年代，一本《资本论》就能打动一个女人的心。不过有趣的是，到了晚年，吴敬琏在口述史中证实能否背诵《资本论》一事时说：“没有：这事儿是传闻，言过其实。”
尽管能背整本《资本论》是一个“言过其实”的传闻，不过，吴敬琏激进的思想、优异的成绩、善解人意的个性，当然还有俊朗的外形，显然还是深深打动了姑娘周南的心。
1952年9月3日，22岁的革命青年吴敬琏加入了中国共产党。
不久，全国大学进行大规模的院系调整，吴敬琏所在的金陵大学经济系被并入了上海复旦大学。在这里，给他上二年级政治经济学课的是刚从中共人民大学受过苏联专家培训的教员蒋学模。蒋后来成为当时全国最著名的社会主义政治经济学教授，他编写的《政治经济学教材》沿用了几十年，据称先后发行了1800多万册。蒋学模对学生时期的吴敬琏印象非常深，在几十年后的一次聚会中，他指着吴敬琏，用一口浓重的宁波腔说，“他是我的好学生”。也是在复旦的班上，吴敬琏与一位名叫周叔莲的同学十分投缘，这一缘分后来延续了一辈子。
1953年，吴敬琏和周南大学毕业。南京的周南留校当了助教，上海的吴敬琏竟又掉了“链子”，他被检查出肺病未愈，不能分配工作，只好留在学校的康复楼里又乖乖地养了一年的病，兼任康复楼团支部书记。以他当时的身体状况，实在很难想象，在后来，当他80岁的时候，居然还能站在讲台上连续讲课3个小时。
1954年，吴敬琏终于拿到了毕业证书。他被分配到北京的中国科学院经济研究所，这是当时中国研究经济学的第一重镇。当然，比吴敬琏更高兴的人还有一个，那就是邓季惺，因为宝贝儿子又回到了她的身边。不过，这时候的吴敬琏已经让她觉得越来越“陌生”。有一次，吴敬琏对母亲说：“你以后不要坐沙发了。”邓问：“为什么呢？”吴答：“无产阶级都坐凳子，为什么要坐沙发呢？”还有一次，吴敬琏公开表示，“一个人不应该有两件以上的衬衫”。过惯了优裕生活的邓季惺和陈铭德都瞠目结舌，不知道如何应答。
进了经济所，吴敬琏仍然是积极分子，他当上了首任团支部书记。