父母的被边缘化，显然没有影响到吴敬琏对新社会的热情。一到北平，他就住进了羊肉胡同的香山肺病疗养院城内分院。到1950年春天，身体有所康复，吴敬琏就回到南京金陵大学开始学习经济学的大学学业。很快，他加入了新民主主义青年团，1950年暑期开始担任经济系团支部书记、校团委的团课教员。
这种“为建设新民主主义社会而学习”的学生生活只持续了一个学期，就开始了抗美援朝的政治运动。
1950年6月25日，朝鲜战争爆发。在朝鲜人民军占领了南朝鲜绝大部分地区的情况下，9月15日，以美国为首的联合国军在朝鲜半岛中部的仁川登陆，直逼平壤。10月19日，中国人民志愿军入朝作战。11月中旬，发生了金陵女大和金陵大学美国教授污蔑北朝鲜侵略南朝鲜的事件，学校的党、团组织抓住时机，掀起了影响全国的“反侮辱、反诽谤、反美帝控诉运动”，把群众的仇美情绪调动起来，为抗美援朝扫清思想障碍。吴敬琏被控诉运动所激发的爱国心推动，积极参加了这场运动。控诉运动结束后，由校团委出面，举办了题为“揭露美国利用文化教育机构进行侵略活动，宣传西方资产阶级价值观和生活方式的罪行”的展览会，吴敬琏是筹备展览会的负责人之一，他整天忙碌，不知疲倦。1951年2月，中国政府接管了各地的教会学校，金陵大学和金陵女子大学合并成立公立金陵大学。
很快，英文从课程设置中取消了，西方的经济学论著被彻底废除。到1952年“院系调整”之后，各高校经济类课程只开马克思主义政治经济学、《资本论》等，采用的全部是苏联专家编写的教材。
在青年吴敬琏看来，这些都是理所当然的。他在后来的文章中写道，“我在大学期间，除了第一学年还上过几门现代经济学课程外，所学的理论和方法基本上是从苏联移植过来的。当时我以为，掌握了这一套理论和办法，就能沿着苏联的道路，迅速实现国家工业化，建立起强大的社会主义国家”（《吴敬琏选集·作者自传》），“使我对这些理论观点深信不疑的，并不是有关苏联社会主义经济的各种事实材料，而是对社会主义的某种信念。这种信念又因我国50年代上半期在新民主主义经济制度下取得的成就而得到加强。这种思想脉络大概只有在50年代上半期身历其境的人才会觉得完全合乎情理。”（《中国经济的振兴有赖于市场取向的改革》）而在口述史中，他更进一步说：“因为要反对国民党，所以就要接近共产党，拥护共产党，学习共产党的理论。其实你现在回想起来，根本就没有学懂，很多事情并没有学懂。”
从1951年12月开始，为了整肃进城以后愈演愈烈的腐败之风以及打击资本主义工商业，中共中央发动了“三反五反”运动，吴敬琏作为学生中的积极分子，参加了学校内清查贪污浪费的活动。例如，参加在中央大学大礼堂召开的全市高校系统“打老虎”（“老虎”，指的是重点斗争对象）大会。这种会议是大小会结合的，大会上各校竞相报告“战绩”，当场“落实”宽待政策，然后各校再分头开小会“攻心”，迫使斗争对象交代。这种活动不用扩音器，全凭着年轻人高音喇叭似的嗓子，往往一“打”就是几天几夜，不达指标誓不罢休。
所谓“斗争阶段”结束后，吴敬琏被调到校增产节约办公室做结案工作。使他万分惊讶的是，在运动中言之凿凿的贪污案件竟一个也不能落实定案。
吴敬琏在大学里积极参加“打老虎”的同时，邓季惺和陈铭德在北京却成了被打的“老虎”。建国之后，邓季惺出资在北京南长街修建了一幢三层楼的花园洋房，现在，这座私宅被认定是贪污《新民报》的钱建成的，职工上门来批斗，强迫他们交代。邓季惺当然很愤怒：“我是报纸的老板，我贪污谁？”更让他们伤心的是，一些老朋友在运动中自杀了，其中包括邓季惺的老师和友人、一代四川船王卢作孚。这是一位社会声望极高、十分爱国的企业家，也是西南军政委员会的同事。他的自杀让邓季惺非常震惊和不理解，据吴敬琏回忆，他的母亲从来没有跟他讨论过对“三反五反”运动的看法，不过他能看出她的困惑。对于当时的吴敬琏来说，这样的运动当然是必须的，哪怕父母遭到冲击，也是因为世界观改造的需要。
在忙完“三反五反”后，接下来是“知识分子思想改造