战后尼米兹曾拜访过福雷斯特，商讨自己的未来工作。福雷斯特希望尼米兹留任太平洋舰队司令，尼米兹立即明白对方再次耍起了政治权柄。他直截了当地告诉福雷斯特，自己希望接替金出任海军作战部长。二人的会谈不欢而散。
二人的第二次会面是尼米兹探亲之旅结束后。这一次尼米兹感觉到福雷斯特的态度明显软化。原来福雷斯特陆续受到海军内部和国会海军委员会议员们施加的压力，意识到尼米兹背后竟有如此强大的后盾。不过福雷斯特仍旧劝阻尼米兹不要担任海军作战部长，理由则是这个职务要“承受太多的例行束缚”，他担心尼米兹无法应付。
见尼米兹不为所动，福雷斯特只好同意推荐他担任海军作战部长，但给尼米兹设定了三个条件，其一是尼米兹的参谋班子成员必须经他同意；其二是两年任期届满后不能续任；其三是自己将过问海军的人事管理工作。尼米兹虽然内心不快，但还是接受了这些条件。
改善尼米兹和杜鲁门关系的牵线人竟然是麦克阿瑟，只不过后者是“无心插柳柳成荫”。战时尼米兹就一直强调军种间的协作精神，也一直倡导在太平洋战场建立统一的指挥机构。麦克阿瑟在这件事情上表示反对，根本原因也不复杂，太平洋战场与北非、欧洲不同，所有作战行动都离不开海军，所以由海军将领领导统一的指挥机构合情合理，陆军只能担任配角。
战争结束后，麦克阿瑟转而赞成统一指挥的问题，但他要求以陆军为核心。尼米兹此时仍是太平洋舰队司令。如果罗斯福在世的话，尼米兹不必担心这样的纷争，现在在华盛顿掌权的人是杜鲁门。
始刻意凸显原子弹的作用，甚至认为是原子弹结束了战争。所以美国不需要保留那么多军舰，未来战争只需要远程空军和原子弹就足够了。
美国战略空军司令斯帕茨也公开说：“为什么我们还要继续保留海军？我们保留海军的唯一理由也许是某些国家还保留着它，而苏联只有一支小海军，或者说简直没有。我们确实不需要把钱浪费在海军身上了。”
尼米兹是坚定的“海权论”者，他不反对裁军，但支持战后仍然保留一支强大的舰队。他指出：“这种取消海军舰队的论调并不新鲜。在潜艇出现时，在鱼雷出现时，在飞机出现时，都曾经叫嚷过。结果这些认为海军末日已经来临的预言家们只是陡然喊哑了嗓子。正确的态度是海军建设要适应新式武器的发展，具有海军传统的聪明的美国人是绝不会听任海军衰亡的。”
尼米兹的观点并不能得到广泛的支持，甚至美国总统杜鲁门也不赞同他的看法。尼米兹忧心忡忡，但他坚持认为自己必须维护海军的利益，站出来为海军发声。
当然他也清楚自己需要一个合适的舞台。
幸运的是尼米兹在檀香山遇到了昔日的老部下德雷克，后者曾在战争期间负责战区公共关系事务，此时他以“盟军赔偿委员会”代表的身份，为杜鲁门信任的埃德温·波利工作。于是尼米兹让德雷克把波利请到夏威夷来。
波利是带着戒心来的，临行前只答应与尼米兹私下单独会面。来到珍珠港后，尼米兹亲自驾车把波利带到了一个海滩，两个人长时间密谈后成了朋友。波利返回华盛顿后，立即拨通了白宫的电话，认为海军作战部长的职务非尼米兹莫属。
杜鲁门对尼米兹缺乏了解，他从德雷斯特那里了解到“他是一个顽固不化的德国人”，所以一度将尼米兹移出了海军作战部长的候选之列。但除了波利之外，他也明显感觉到海军内部绝大多数高级将领都支持尼米兹。
任命掌管300多万海军部队的主官绝非小事，杜鲁门获悉尼米兹即将返回华盛顿后，向尼米兹发出了邀请，希望他到访白宫，尼米兹欣然同意。1945
战争结束后，海军作战部长欧内斯特·金也将卸任海军头把交椅。金在卸任前推荐了尼米兹，后者早在战争爆发前就曾表露过从海军作战部长任上退休的愿望。
当年尼米兹升任担任太平洋舰队司令有两个人的支持起到了决定性作用，一位是罗斯福，另一个是时任海军部长诺克斯。但时过境迁，他们都已经在任上离世。
罗斯福和海军颇有渊源，1913年他就被威尔逊总统任命为海军部副部长，并在7年的任期内经历了第一次世界大战。罗斯福重视海军，也喜欢行事风格与自己相似的尼米兹，所以在他担任总统期间，不仅大力提倡发展海军，还每每在关键时刻支持尼米兹。
与罗斯福不同，继任总统杜鲁门曾在一战期间担任炮兵连长，并不了解海军。1945年10月13日是美国海军节，杜鲁门在纽约中央公园发表演讲，他全篇都在大肆称赞陆军在欧洲战场取得的胜利，却不提海军在战争中发挥的作用，甚至有贬低海军的成分。
不仅是杜鲁门，接替诺克斯出任海军部长的布鲁斯·福雷斯特也是尼米兹出任海军作战部长的障碍。战前福雷斯特担任海军部副部长，兼管海军采购工作。在那个时候他就与担任海军航海局局长的尼米兹有嫌隙，尼米兹对福雷斯特将商界朋友安排进海军任职非常抵制。福雷斯特就任海军部长后，还曾经推动金出任太平洋舰队司令，想以此排挤掉尼米兹，还能将金赶出华盛顿，只是没能如愿。