大部分摩托艇被击沉，仅有少部分登陆到克里特岛。
5月23日，德国空军开始对克里特岛附近的英国海军实施空袭，缺少空中掩护的英国舰队被迫撤往地中海南岸的亚历山大港。此后，德军可以从海上向岛上德军输送兵员和物资，德军第5山地师也全部上岛，战局开始急转直下。
5月24日，德军完全占领马利姆地区，并开始向东发起进攻。第5山地师师长林格尔少将抵达岛上，接过了负重伤的迈恩德尔的西部战斗群指挥权。当天，西部战斗群与中部战斗群会师。25日，林格尔指挥第5山地师的一个团和滑翔突击团、第7空降师第3团的余部全力进攻苏达湾地区的干尼亚。26日，德军突破干尼亚防线。27日，德军攻占干尼亚市区。28日，德军占领苏达湾。同时，意军一个加强团在克里特岛东岸登陆。29日，德军占领雷西姆农，并与伊拉克利翁附近的空降部队会合。
在德军地面、空中火力猛烈攻击下，英军节节败退，最终于5月28日深夜开始由南岸撤离克里特岛。5月28日至6月1日，英军撤出约1.6万人，其余6000余人未能及时撤退，不久即向德军投降。
整个克里特岛战役，英军死、伤、被俘约1.5万余人。海军3艘巡洋舰、6 艘驱逐舰和1艘航空母舰被击沉，多艘舰艇遭重创，使英海军在地中海的实力大大削弱。德军也付出惨重代价：死、伤、失踪约1.5万余人，多架运输机被击伤击毁，第7空降师伤亡3/4，共计6500余人。
1941年6月2日，德军完全占领克里特岛。
德军在此次战役中基本达成了战役目的，控制了爱琴海和东地中海的航线，攻克了英国的重要据点，从而解除了英军以此为基地对罗马尼亚油田的威胁。
克里特岛空降战役是第一次以师为单位进行的大规模空降作战行动，也是第二次世界大战中唯一以空降部队为主实施的进攻战役。它证明，空降部队不仅可以执行支援地面部队的战前作战任务，而且可以实施大规模战役作战行动。
而实施此次空降的德军方面，希特勒只看到德军遭到的严重损失，而未看到损失的具体原因，更未想到大规模使用空降兵在今后作战中的意义。他错误地认为，伞兵全盛的日子已经过去。
盟军反而在这次战役中看到空中机动作战的价值，此后美英加速扩建空降部队，并在以后的西西里岛登陆和诺曼底登陆作战中，成功实施了空降作战。苏联也开始重视空降部队的建设，并在东线战场实施过多次大规模空降作战。但苏军每次空降的准备都不充分，导致行动大多以失败收场，丧失了很多优秀的空降兵。