李天进入到教堂内，李天会遭遇到巨型蝙蝠，使用硫弹枪对准空中，当蝙蝠想要靠近啃咬李天时才开枪，第二阶段蝙蝠会放出小蝙蝠骚扰比利，随意击落几只小蝙蝠以免它们阻止李天抬枪，当大蝙蝠靠近时将其击毙。
这时候就可以用到在一路带过来的钩绳枪，走到教堂大门前，此时画面角度会变成俯视，使用钩绳枪可以登上教堂房顶，然后从屋顶的梯子落到小花园内。
接着启动梯子右侧的拉闸，那么旁边的铁门以及电梯就会启动，黄雪琴与李天汇合，然后搭乘铁门附近的电梯前往教堂下方隐藏的实验室。
来到实验室的负二层(B2)，离开电梯面对一条走廊，走廊尽头的门紧闭，而其左侧的门则是可以进入到一个图书馆内，中央放着花瓶的桌上可以拿到“文件——马库斯的日记2”(注：不知为何第三章获取的文件有一部分不会记录在文档当中）左侧是一个传送物品的升降机(稍后分头行动需要使用好几次)。
紧接着去到走廊中部的酒吧，内进后可以拿起餐桌上的空瓶，然后选择分头行动，让李天去弹钢琴，演奏完一曲之后，酒吧的暗门会打开，黄雪琴就可以内进。
在酒窖的尽头可以从电箱中拿取电池(用来启动户外电梯)。可是这时候暗门忽然关闭，这时候再切换为李天再弹奏一曲即可让暗门再次打开。
去到走廊拐角进入到工坊内，击毙2只丧尸后，去到工作桌上将老虎钳放上去，然后让李天使用工作桌拿取里面的第二块石板——服从石板。
来到走廊的尽头进入到要药物房当中，在中间的玻璃实验室内可以在地板拿到空瓶和2份草药(1绿1红)，在显微镜旁可以拿到手枪子弹，其实这个药物房可进可不进。
这时候剩下最后一块石板就能逃离这座宅邸，回到大厅，从正门外出，去到正门右侧将从酒吧酒窖内获得电池放入到电箱内，然后启动电梯，那么大箱子就会被运下来。
接着就是让李天翻过箱子，从电梯内部把箱子推出，然后将箱子推往第三块石碑所在的罗马柱下方，然后爬到箱子上拿最后一块石板——纪律石板。
剑士之门还剩下最后一道，它就位于铰链机房内，这时候返回到铰链机房当中会遇到蝗虫的袭击，穿过剑士之门进入到观星塔内，从梯子落到控制器前，将团结、服从、纪律三块石板放入到控制器上，那么观星塔会开始沉降。
并且第四道剑士之门也会打开，它就在观星塔内部梯子旁边，从第四道剑士之门离开，瑞贝卡和比利就往教堂进发。
走到一座教堂前，发现正门和西面的两扇门都早已锁上，而大门右侧的塔内地面却有四个地板机关，这时候李天和黄雪琴需要分头行动。
让李天在门前留守，然后黄雪琴进入到塔内，然后踩踏塔内西南角的瓷砖(会听到“咔嚓”一声)，那么此时教堂的大门就会开启。